ارزیابی ژنومی صفات آستانه ای با معماری های ژنتیکی متفاوت با استفاده از روشهای بیزی
Authors
Abstract:
The current study was carried out to evaluate accuracy of some Bayesian methods for genomic breeding values prediction for threshold traits with different types of genetic architecture based on distribution of gene effect and QTL numbers. A genome consisted of 3 chromosomes of 100 CM with 2000 single nucleotide polymorphisms (SNP) was simulated. The QTL numbers were 0.01, 0.05 and 0.1 of total number of SNPs whose effects were simulated by uniform, normal and gamma distributions. The studied threshold traits were either one-threshold (survival) or two-threshold (litter size). Genomic estimated breeding values were predicted by five regression methods including Bayesian Ridge Regression (BRR), Bayes A, Bayes B, Bayes C, and Bayes LASSO. Comparison of prediction accuracy of these methods (correlation between real and estimated breeding value) showed that Bayesian methods are powerful for genomic evaluation and there were no significant differences among them. The proficiency of these methods for one-threshold trait was significantly higher compared to two-threshold trait. Non-significant and irregular variance was observed in accuracy of prediction these methods between different QTL numbers and statistical distributions. Also the results showed that increasing in distance (generation) between reference and target populations will lead to decline in accuracy of prediction due to breakdown of LD between QTL and marker.
similar resources
صحت روشهای مختلف بیزی در ارزیابی ژنومی صفات آستانه‌ای با معماری ژنتیکی متفاوت
چکیده سابقه و هدف: انتخاب ژنومی که نوعی انتخاب به کمک نشانگرهای ژنتیکی می‌باشد، اثر همه نشانگرهای ژنتیکی پراکنده در سرتاسر ژنوم را به‌طور هم‌زمان برآورد می‌کند. درنتیجه انتخاب ژنومی به‌طور بالقوه توانایی توجیه همه واریانس ژنتیکی صفت را دارد. اساس کار در انتخاب ژنومی عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفات کمی می‌باشد. با توجه به کمتر مورد توجه قرار گرفتن ارزیابی ژنومی صفات دارای توزیع فنوتیپ...
full textمقایسه روش های بیزی در ارزیابی ژنومی با معماری متفاوت ژنتیکی
The aim of this study was to compare different methods of Bayesian (parameteric) approaches for predicting genomic breeding values of traits with different genetic architecture in different distribution of gene effects, number of quantitative traits loci, heritability and the number of reference population using simulated data. A genome contained 3 chromosomes, with the length of 100 cM and 10...
full textمقایسه صحت برخی روش های بیزی در استراتژی های مختلف ارزیابی ژنومی صفات آستانه ای
این مطالعه با هدف ارزیابی صحت روش های مختلف بیزی در پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی صفات آستانه ای انجام شد. نتایج این مطالعه نشان داد که روش های بیزی، روش های قدرتمندی در پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی بوده و استفاده از این روش ها، در سناریوهای مختلف ژنومی و جمعیتی، می تواند منجر به پیشرفت ژنتیکی چشمگیری در صفات آستانه ای شود
برآورد پارامترهای ژنتیکی برخی صفات مهم اقتصادی درمرغان بومی مازندران با استفاده از روش آماری بیزی
full text
مقایسه روش های آماری پارامتری و بازنمونه گیری در ارزیابی صفات کمّی با ساختار ژنتیکی متفاوت
هدف از این مطالعه مقایسه سه روش پارامتری (GBLUP، BayesB، RKHS) و دو روش بازنمونهگیری (Bagging GBLUP و Random Forest) در پیش بینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با ساختار ژنتیکی متفاوت بود. یک ژنوم با سه کروموزوم، هر کروموزوم به طول یک مورگان شبیهسازی شد و روی آن 1500 نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) در سه سناریو 50، 100 و 200QTL به طور یکنواخت پخش شدند. اثر جایگزینی QTLها با استفاده از توزیع نرم...
full textMy Resources
Journal title
volume 8 issue 15
pages 149- 154
publication date 2017-06
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
No Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023